GNU（包括 GNU/Linux） 操作系统中大部分命令（命令即可执行文件的名字名）在后面跟--help选项时能输出简要的帮助，man后面跟命令名给出该命令的详细手册。
注意：以下命令将只列出最基础的用法，详细用法请参考所需命令的详细手册。
cd
“cd”的意思是“change directory”，即改变目录，输入cd （指定目录）用户将在终端下从当前目录跳转到指定目录。如 cd /etc/apt将使得用户在终端下跳转到/etc/apt目录。
一切无需调用 root 权限的命令的操作默认目录都是用户当前所在目录，如果不指定一个绝对路径（从根目录开始一直到所需目录、文件），路径将会以用户当前目录为起点（相对路径）。
如，前文提到的/etc/apt是绝对路径，而~/文档是相对路径。
cat
连接所有指定文件并将结果写到其标准输出（默认直接输出到终端里），当指定文件仅有一个的时候，可以用来查看某文件的内容，如输入命令cat /etc/apt/sources.list，会在终端里输出/etc/apt/sources.list的内容。
当存在多个指定文件，将命令所写的顺序，将指定的多个文件拼接到一起输出。如有一个名为1.txt的文本文件里写有1，一个名为2.txt的文本文件里写有2，输入cat 1.txt 2.txt的输出结果为
1 2
grep
在每个<文件>中查找给定<模式>。 <模式>可以包括多个模式字符串（可以是文字），使用换行符进行分隔。
例如，输入
$grep 1 1.txt
将在1.txt中抓取1，并输出在终端里。
nano
比较基础的终端下的文本编辑软件，以前文提到的1.txt为例，输入$ nano 1.txt将开始编辑1.txt，通过方向键移动光标到需要编辑的文字和行端。按住ctrl的同时按住O可修改文件名称并保存，按住ctrl的同时按住X可退出编辑。
find
在一个目录下查找文件（前提是执行者至少有读取该目录的权限）。无选项时会列出该目录下（所有子目录中）的所有文件，可用选项控制过滤条件或对每一个符合条件的文件执行命令，如输入：
$ find /etc/apt
会显示/etc/apt下的所有当前用户可读取的目录、文件名称。
shred
用于完全破坏（粉碎）一个文件的内容，也可以由 root 用户对（代表）整个磁盘/分区（的文件）使用以破坏其内容。可以通过其选项控制破坏的模式或在破坏后删除文件。shred 本身不能递归处理目录中的文件，因此可配合 find 使用：
$ find <路径> -exec shred -u {} \;
——通过对该目录下（所有子目录中）的所有文件执行shred -u以粉碎后删除，之后可以删除该目录。
secure-delete软件包中的srm命令支持对目录递归粉碎。
apg
可用于生成随机但易于拼读的密码（口令），生成后如有必要可以选择用gpg加密保管（以构成一“密钥串”）。
pandoc
文档格式转换工具，常见用途为将 markdown 转换为 html，例如，在用当前目录下将一个名为xxx.md的 markdown 文本文件转换成 html 文件，输入
$ pandoc -f markdown -t html -o xxx.html xxx.md